Las presiones tectónicas de la orogenia alpina sobre los bordes sumergidos del Condado, hace 65 millones de años, dieron lugar a la elevación de su parte central o "Meseta" y al basculamiento de la placa tectónica hacia el Este, generando un suave plano de inclinación hacia el Guadalquivir. El levantamiento de esta mole central provoca la aparición de redes hidrográficas divergentes, que desaguan hacia sus dos vertientes: la Norte hacia el río Tinto, y la meridional lo hace al Sureste, debido a la referida inclinación y al levantamiento cuaternario de la cadena de dunas costera. La totalidad de los arroyos de Rociana se concentran en  esta última vertiente, destacando los de Calancha, Moriana y Vaqueriza por su caudal e importancia ecológica, al ser tributarios del arroyo de La Rocina, principal aporte de agua superficial a al marisma de Doñana. Las cabeceras de estos pequeños cursos de agua se encuentran en la meseta. Atraviesan horizontalmente el término municipal de Noroeste a Sureste, horadando pequeños valles fluviales que se derraman escalonadamente hacia Almonte.

Rociana del Condado se abastece tanto de recursos hídricos superficiales como subterráneos:

- Los superficiales proceden fundamentalmente del embalse del Corumbel Bajo. Esta fuente sin embargo no ofrece garantía suficiente de suministro por lo que es necesario recurrir a fuentes secundarias que en ciertas épocas pasan a ser principales. Estas fuentes son los pozos y sondeos situados en los municipios de Almonte, Hinojos y La Palma del Condado.

- Los recursos subterráneos proceden de la Unidad Almonte-Marismas que se constituyen como los principales para la satisfacción de las demandas. Esta unidad ocupa el Parque Nacional de Doñana condicionando su explotación. Se extiende por una superficie de 5000 Km² y comprende dos sistemas acuíferos interrelacionados entre sí, el confinado bajo las marismas de Doñana y el libre, que afecta a la totalidad del término municipal de Rociana. La demanda para el regadío es muy importante entrando en competencia con el abastecimiento. En el borde del acuífero hay una pequeña franja dedicada al cultivo del fresón en los términos municipales de Lucena del Puerto, Bonares y Rociana del Condado, cuya superficie de riego es 480 Ha, que supone una demanda de 2,69 Hm³/año. Actualmente se hallan en conflicto, con difíciles soluciones, la conservación y el uso de este acuífero. La normativa legal impide la apertura de captaciones de agua y las necesidades reales de los hombres conducen a su realización para convertir en regadío los campos de secano.

Aunque la calidad de las aguas de estos sondeos es buena y estable el sistema es deficitario en recursos para agua potable. La solución estará en la interconexión Costa-Condado-Cuenca Minera y a medio plazo con la construcción del embalse del Corumjoso.